開発者があればより自由にカスタマイズ可能なECシステム

改善してほしいポイントは何でしょうか？

プロジェクトでカスタマイズが難しい部分が（情報がない、まだプラグインがない）出た時、EC-CUBE全盤の理解がないと限界がありました。
でもEC-CUBEのコミュニティに質問しながら何とか処理は可能でした。
また長い歴史でのバージョンが多いので管理の不便な点も少し感じました。

どのようなビジネス課題を解決できましたか？あるいは、どのようなメリットが得られましたか？

早く、低費用でECシステムを導入したい場合、良い選択と思います。
多くのクラウドでもサポートされているし、オンプレミス環境でも簡単に（システム知識は必要が）設置、設定可能でした。

検討者にお薦めするポイントがあれば記入ください

簡単にスタートしてカスタマイズしながら運営する形（クライアント様のプロジェクト）のECサイトが必要場面ではぴったりの製品・サービスと思います。