使い勝手が非常に悪い

改善してほしいポイントは何でしょうか？

とにかくUIがひどすぎます。ジョブカンと名のつくサービスがいくつかあるようですが、それぞれのID管理が別なようで、それをSSOしているようなのですが連携がうまくいっておらず、別のサービスに飛ぶ際にページを開けないことが多々あります。
また有給申請ができるのですが、UIがひどく、いつまで立ってもスムーズに申請できません。１年以上使っていて慣れることがないので、UIが直感的でないのでしょう。

どのようなビジネス課題を解決できましたか？あるいは、どのようなメリットが得られましたか？

リモートワークが多い会社にとって、勤怠管理をオンラインでできるという点については課題は解決されていると思います。