【2026年】マイナンバー管理システムのおすすめ10製品（全26製品）を徹底比較！満足度や機能での絞り込みも

掲載製品数：26製品

総レビュー数：277件

2026年10月05日

マイナンバー管理システムとは？

マイナンバー管理システムとは、従業員や取引先などのマイナンバーを安全かつ効率的に管理するためのソフトウェアのことです。企業や自治体などが、マイナンバーの取得・保管・利用・廃棄といった一連の業務プロセスを適切に運用できるよう支援します。

厳格な法令順守とセキュリティ対策が可能になる点が最大の利点です。マイナンバー制度においては「特定個人情報」として法的な取り扱いが厳格に定められており、万が一漏洩や不適切な利用が発生した場合、企業は法的責任を問われることになります。そのため、専用の管理システムを導入することで、内部統制や監査対応を強化し、コンプライアンスを維持できます。

具体的な活用事例としては、人事部門が従業員からマイナンバーを収集・保管し、年末調整や社会保険の手続きで必要なタイミングにのみ利用するプロセスなどが挙げられます。さらに、外部委託先との連携やアクセス権限の設定機能を活用することで、情報漏洩リスクを最小化した運用体制の構築が可能です。

マイナンバー管理システムの定義
・企業における従業員や取引先などのマイナンバーの安全かつ適切な管理をサポートする
・マイナンバーの収集、保管、破棄に必要な機能を備える

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マイナンバー管理システムの基礎知識

マイナンバー管理システムの人気おすすめ製品比較表
マイナンバー管理システムの機能一覧: 基本機能
マイナンバー管理システムの比較ポイント: ①：セキュリティ機能で比較する; ②：法令対応の範囲で比較する; ③：他システムとの連携性で比較する; ④：操作性・使いやすさで比較する; ⑤：導入支援やサポート体制で比較する
マイナンバー管理システムの選び方: ①：自社の解決したい課題を整理する; ②：必要な機能や選定基準を定義する; ③：定義した機能から製品を絞り込む; ④：レビューや事例を参考に製品を選ぶ; ⑤：無料トライアルで使用感を確認する
マイナンバー管理システムの価格・料金相場: クラウド型(サブスク型)の価格・料金相場; オンプレミス型(買い切り型)の価格・料金相場
マイナンバー管理システムの導入メリット: 情報漏洩リスクの低減; 監査対応や法令遵守の強化; 管理業務の効率化と属人化の解消
マイナンバー管理システムの導入デメリット: 導入コストが発生する; 運用方法の変更や教育が必要になる; システム障害時の対応リスクがある
マイナンバー管理システムの導入で注意すべきポイント: 担当部門の連携と責任範囲の明確化; 個人情報保護規程との整合性確認; システム更新と法改正対応の確認
マイナンバー管理システムの最新トレンド: クラウド型サービスの普及; AIによる不正アクセス検知機能; 外部委託先との安全なデータ連携; ペーパーレス化・電子署名連携の加速; 中小企業向けの低価格プランの拡充

マイナンバー管理システムの人気おすすめ製品比較表

製品名	SmartHR労務管理	マネーフォワードクラウドマイナンバー	freee人事労務	HRBrain
製品名
満足度	4.2 /5.0	4.2 /5.0	4.0 /5.0	4.7 /5.0
レビュー数	68件	11件	159件	5件
従業員規模	すべての規模のレビューあり	すべての規模のレビューあり	すべての規模のレビューあり	すべての規模のレビューあり
製品の特徴	【確かな効率化で働きやすい環境をつくる】雇用契約や入社手続き、年末調整などの手続きをペーパーレス化し、あらゆる労務業務をミスなく、カンタンに。従業員にも負担がなく、心地よく使える...	マイナンバーの収集から廃棄まですべてクラウド上で完結収集から破棄までがクラウド上で完結！管理をラクにします。「マネーフォワードクラウドマイナンバー」を運営するマネーフォワード...	"はじめやすく、つかいやすい。「シェアNo.1クラウド人事労務システム」 “基本料金０円”で充実したプランの中からお選びいただけます。 freeeで勤怠管理も給与計算もあらゆる労...	【顧客満足度No.1（※1）】【累計導入社数4,000社以上（※2）】人事業務のあらゆる課題を解決し、ワンプラットフォームで人事業務のDXを実現するタレントマネジメントシステムで...
価格	要お見積もり	要お見積もり	0円〜	要お見積もり
機能	基本機能詳細を見る	基本機能詳細を見る	基本機能詳細を見る	基本機能詳細を見る
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※2026年10月5日時点におけるGrid評価が高い順で表示しています。同評価の場合は、満足度の高い順、レビュー数の多い順で表示しております。

各製品の機能の有無や操作性、サポート品質や料金プランなど、さらに詳しい比較表は「製品比較ページ」から確認することができます。

マイナンバー管理システムの機能一覧

基本機能

機能	解説
マイナンバーの収集	基幹システムや受発注システムなどからデータを受け入れ、帳票を一元的に管理・出力する
マイナンバーの暗号化	不要になったマイナンバーの情報を、復元できないよう完全に削除する仕組みを提供する
アクセス制限	マイナンバーを扱う担当者ごとのアクセス制限適用などを提供する
アクセス履歴の管理	マイナンバー提出時のワンタイムパスワード発行、利用・参照履歴の記録する

マイナンバー管理システムの比較ポイント

マイナンバー管理システムの比較ポイント

①：セキュリティ機能で比較する
②：法令対応の範囲で比較する
③：他システムとの連携性で比較する
④：操作性・使いやすさで比較する
⑤：導入支援やサポート体制で比較する

①：セキュリティ機能で比較する

マイナンバー管理システムの比較ポイントの1つ目としては「セキュリティ機能で比較する」というものが挙げられます。マイナンバーは漏洩時のリスクが非常に高いため、堅牢なセキュリティ対策が必須です。

たとえば、暗号化保存やアクセスログの記録、多要素認証などの機能が備わっていないシステムでは、内部不正や外部攻撃のリスクを防ぎきれず重大な情報漏洩につながる恐れがあります。従って、第三者認証（ISMS・プライバシーマーク）を取得しているかどうかなども選定時の重要な指標となります。

②：法令対応の範囲で比較する

マイナンバー管理システムの比較ポイントの2つ目としては「法令対応の範囲で比較する」というものが挙げられます。マイナンバー制度は「番号法」や「ガイドライン」などで運用ルールが定められており、それらにどこまで準拠しているかが重要です。

特に、保管期間の管理や廃棄処理の自動化、利用制限設定などの対応有無は、法令順守と直結する機能です。未対応のシステムを導入した場合、違法な運用が発生するリスクがあるため、管理者が安心して使える法対応の水準は必ず比較しましょう。

③：他システムとの連携性で比較する

マイナンバー管理システムの比較ポイントの3つ目としては「他システムとの連携性で比較する」というものが挙げられます。人事給与システムや労務管理ツールとのデータ連携が可能であれば、業務効率を大きく向上させることができます。

連携機能が乏しいシステムでは、CSVインポートや手入力などの手間が増え、人的ミスの発生リスクも上昇します。したがって、APIやRPA、クラウド型の外部ツールと連携可能かを確認しておくと、導入後の業務運用がスムーズになります。

④：操作性・使いやすさで比較する

マイナンバー管理システムの比較ポイントの4つ目としては「操作性・使いやすさで比較する」というものが挙げられます。複雑な機能構成や専門的な操作が求められるシステムでは、現場での定着が難しくなります。

特に、マイナンバーを扱う部署は人事や経理など業務多忙な部門であることが多いため、直感的なUIや分かりやすい操作フローの有無が生産性に大きく影響します。説明なしでも誰でも扱えるインターフェースであるかどうかを重視すべきです。

⑤：導入支援やサポート体制で比較する

マイナンバー管理システムの比較ポイントの5つ目としては「導入支援やサポート体制で比較する」というものが挙げられます。導入後にスムーズな運用を継続するには、サポートの質が非常に重要です。

導入初期の設定支援や研修、トラブル時の迅速な対応などが不十分であると、管理体制が崩れたり、法令違反のリスクが生まれる要因になります。365日対応のヘルプデスクやオンボーディング支援の有無などを確認しておくことで、長期的な運用の安定性が向上します。

マイナンバー管理システムの選び方

マイナンバー管理システムの選び方

①：自社の解決したい課題を整理する
②：必要な機能や選定基準を定義する
③：定義した機能から製品を絞り込む
④：レビューや事例を参考に製品を選ぶ
⑤：無料トライアルで使用感を確認する

①：自社の解決したい課題を整理する

マイナンバー管理システムの選び方の1つ目のステップとしては「自社の解決したい課題を整理する」というものが挙げられます。目的を曖昧にしたまま選定を進めると、必要以上の機能を持った高額なシステムを選んでしまう可能性があります。

例えば、従業員のマイナンバーだけでなく、取引先や外注スタッフの番号管理も必要かどうか、システム導入の背景や法的な制約などを事前に明確にしておくことが、最適なソリューション選定の第一歩です。

②：必要な機能や選定基準を定義する

マイナンバー管理システムの選び方の2つ目のステップとしては「必要な機能や選定基準を定義する」というものが挙げられます。セキュリティ強度、操作性、保管期間の設定、自動削除機能など、業務に必要な要素を洗い出しましょう。

さらに、オンプレミスかクラウドか、外部委託先との連携要件があるかなどの技術的な観点も含めて要件定義することが、ミスマッチを防ぐ上で有効です。

③：定義した機能から製品を絞り込む

マイナンバー管理システムの選び方の3つ目のステップとしては「定義した機能から製品を絞り込む」というものが挙げられます。必要条件と優先順位に基づき、候補製品をリストアップして比較検討します。

例えば、API連携を必須とする場合は、その対応がある製品だけに絞っていくことで、選定にかかる手間を大幅に削減できます。多機能だからという理由で選ばず、自社の課題解決に最も寄与する機能を持つ製品を優先しましょう。

④：レビューや事例を参考に製品を選ぶ

マイナンバー管理システムの選び方の4つ目のステップとしては「レビューや事例を参考に製品を選ぶ」というものが挙げられます。実際の導入企業によるレビューや、同業種の活用事例は非常に参考になります。

特に、運用開始後のサポートの質や、操作性に対する満足度、トラブル対応の実績などは、パンフレットだけでは見えにくいため、口コミサイトやIT製品レビューサイトなどを活用して情報収集を行うと良いでしょう。

⑤：無料トライアルで使用感を確認する

マイナンバー管理システムの選び方の5つ目のステップとしては「無料トライアルで使用感を確認する」というものが挙げられます。実際に現場の担当者に使ってもらい、UIや操作フローが現場に適しているかどうかを検証することで、導入後のギャップを減らすことができます。

トライアル中には、デモデータを使ってデータ登録から削除、ログ管理まで一通り試すことが推奨されます。感覚的に「使いやすい」と感じられるかどうかも重要な判断軸です。

マイナンバー管理システムの価格・料金相場

マイナンバー管理システムの料金体系としては、大きく分けて「クラウド型(サブスクリプション型)」と「オンプレミス型(買い切り型)」の2種類があります。それぞれの価格帯と特徴は以下の通りです。

費用相場	クラウド型(サブスク型)	オンプレミス型(買い切り型)
小規模事業者向け	月額5,000円〜1万円前後	初期費用10万円〜30万円程度
中堅企業向け	月額1万円〜3万円前後	初期費用50万円〜100万円程度
大企業・多拠点対応	月額5万円以上	初期費用150万円以上

クラウド型(サブスク型)の価格・料金相場

クラウド型のマイナンバー管理システムの料金相場としては月額5,000円から5万円以上となる場合が一般的です。

クラウド型は初期費用が安く、サーバーやメンテナンスが不要なため、中小企業でも導入しやすいコスト構成となっています。月額課金制のため、予算の柔軟性があり、必要に応じて利用規模を調整しやすい点も魅力です。

具体的には、従業員100名未満の企業であれば月額5,000円〜1万円で十分な機能を活用できますが、多拠点や複数部署との連携が必要な企業では月額3万円〜5万円以上になるケースも多く見られます。

オンプレミス型(買い切り型)の価格・料金相場

オンプレミス型のマイナンバー管理システムの料金相場としては初期導入費用が10万円〜150万円以上となる場合が一般的です。

買い切り型は初期費用が高額になる一方で、長期的にはランニングコストを抑えられるのが利点です。特に、セキュリティポリシー上クラウド利用が難しい自治体や一部業種ではオンプレミス型が主流です。

たとえば、オンプレミス型を選択した場合、自社のITインフラに合わせてカスタマイズ性の高い運用が可能ですが、保守やアップデート費用を含めるとトータルでコストは高くなりやすいため、規模と運用体制を踏まえて検討することが求められます。

マイナンバー管理システムの導入メリット

マイナンバー管理システムの導入メリット

情報漏洩リスクの低減
監査対応や法令遵守の強化
管理業務の効率化と属人化の解消

情報漏洩リスクの低減

マイナンバー管理システムのメリットの1つ目としては「情報漏洩リスクの低減」というものが挙げられます。マイナンバーは厳重に保護されるべき情報であり、誤って漏洩すれば企業の信用失墜や法的責任を問われることになります。

システム導入により、暗号化保存・アクセス制御・操作ログの記録など多層的な防御が可能となり、紙やExcelなどでの管理に比べて圧倒的に安全性が向上します。

監査対応や法令遵守の強化

マイナンバー管理システムのメリットの2つ目としては「監査対応や法令遵守の強化」という点が挙げられます。ガイドラインで定められた保管・利用・廃棄のルールを自動化できるため、運用ミスによる法令違反のリスクを大幅に軽減できます。

例えば、保管期限が過ぎたデータを自動削除したり、利用履歴をレポート出力したりする機能によって、監査対応にもスムーズに対応可能になります。

管理業務の効率化と属人化の解消

マイナンバー管理システムのメリットの3つ目としては「管理業務の効率化と属人化の解消」です。これまで人事・経理部門で属人的に管理されていた番号収集・保管・削除などの業務が、システムにより一元的かつ標準化された業務フローで管理できるようになります。

結果として、業務の属人化を防ぎ、担当者の退職や異動にも強い体制が構築できます。

マイナンバー管理システムの導入デメリット

マイナンバー管理システムの導入デメリット

導入コストが発生する
運用方法の変更や教育が必要になる
システム障害時の対応リスクがある

導入コストが発生する

マイナンバー管理システムのデメリットの1つ目としては「導入コストが発生する」というものが挙げられます。クラウド型であっても月額数千円〜数万円、オンプレミス型であれば初期費用として数十万円が必要になります。

特に中小企業にとっては「セキュリティ対策が必要なのはわかるが、予算の制約がボトルネックになりやすい」という実情があります。導入前には、費用対効果を精査した上で投資判断を下す必要があります。

運用方法の変更や教育が必要になる

マイナンバー管理システムのデメリットの2つ目としては「運用方法の変更や教育が必要になる」というものが挙げられます。システム導入によって、これまでの管理方法や業務フローを見直す必要が出てきます。

また、社員に対しても新しい運用ルールやシステムの操作方法を理解させるための教育が不可欠となり、導入初期は業務負荷が一時的に増加する傾向にあります。

システム障害時の対応リスクがある

マイナンバー管理システムのデメリットの3つ目としては「システム障害時の対応リスクがある」というものが挙げられます。クラウド型であれば、通信障害やサーバーダウンなどが発生した際に、業務が一時停止するリスクがあります。

また、オンプレミス型でも災害時のバックアップや冗長構成を整えていないと、データ喪失の可能性があります。BCP(事業継続計画)の観点からも、障害時対応の仕組みが整っているサービスを選定することが重要です。

マイナンバー管理システムの導入で注意すべきポイント

マイナンバー管理システムの導入で注意すべきポイント

担当部門の連携と責任範囲の明確化
個人情報保護規程との整合性確認
システム更新と法改正対応の確認

担当部門の連携と責任範囲の明確化

マイナンバー管理システムの導入で注意すべきポイントの1つ目としては「担当部門の連携と責任範囲の明確化」です。マイナンバーは人事部門だけでなく、経理部門や総務、場合によっては外部委託先とも関わる情報です。

誰が収集し、誰が管理し、誰が利用できるのかを明確にし、組織全体での合意形成が重要となります。これを怠ると、業務の抜け漏れや責任の所在が不明確になるリスクが高まります。

個人情報保護規程との整合性確認

マイナンバー管理システムの導入で注意すべきポイントの2つ目は「個人情報保護規程との整合性確認」です。社内規程に沿った運用ができているか、またシステムがそれを技術的に担保できるかを事前にチェックしておく必要があります。

導入後に規程と運用にズレが生じると、監査対応や社員からの問い合わせに対応しきれない状況を生み出してしまいます。

システム更新と法改正対応の確認

マイナンバー管理システムの導入で注意すべきポイントの3つ目は「システム更新と法改正対応の確認」です。マイナンバー制度は法改正が発生する可能性があり、そのたびにシステムのアップデートが必要になるケースがあります。

クラウド型であればベンダーが自動対応してくれる場合が多いですが、オンプレミス型や古いバージョンでは、追加コストや手作業での対応が発生する場合があるため、保守契約の範囲と対応方針は事前に確認しておきましょう。

マイナンバー管理システムの最新トレンド

マイナンバー管理システムの最新トレンド

クラウド型サービスの普及
AIによる不正アクセス検知機能
外部委託先との安全なデータ連携
ペーパーレス化・電子署名連携の加速
中小企業向けの低価格プランの拡充

クラウド型サービスの普及

マイナンバー管理システムの最新トレンドの1つ目としては「クラウド型サービスの普及」が挙げられます。近年はオンプレミスからクラウドへの移行が加速し、コスト面・保守面・拡張性の観点でクラウド型を採用する企業が増加しています。

セキュリティも年々向上しており、政府機関や大手企業でも導入が進んでいます。

AIによる不正アクセス検知機能

2つ目のトレンドは「AIによる不正アクセス検知機能」です。AIを活用して通常とは異なる操作やアクセスパターンをリアルタイムで検知し、管理者に即時通知する機能が一部製品で実装されています。

これにより、内部不正や外部攻撃に対する早期対応が可能となり、リスク管理レベルが向上しています。

外部委託先との安全なデータ連携

3つ目のトレンドは「外部委託先との安全なデータ連携」です。BPO業者や税理士事務所とのデータ共有を想定し、ワンタイム認証付きリンクや限定閲覧モードなどを実装したシステムが登場しています。

これにより、外部へのマイナンバー提供時も安全性を保ったまま業務連携が可能になりました。

ペーパーレス化・電子署名連携の加速

4つ目のトレンドは「ペーパーレス化・電子署名連携の加速」です。収集・同意書提出・委任状管理など、紙で行っていた業務を電子的に完結できる仕組みが普及しています。

電子署名サービスとの連携も進んでおり、業務効率とセキュリティの両立が可能になっています。

中小企業向けの低価格プランの拡充

5つ目のトレンドは「中小企業向けの低価格プランの拡充」です。従業員数が少なく、大規模機能を必要としない企業向けに、基本機能のみを搭載した安価なクラウドプランが提供されるようになってきました。

これにより、セキュリティの確保とコストの両立が実現しやすくなっています。

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