できることは沢山あるが、その過程が大変なツール

改善してほしいポイントは何でしょうか？

良いポイントにある、「なんでもできる感」は事実ですが、それを実現するためには様々なハードルがあります。
Zendeskはいわゆる箱であって、どのように動作させるべきかは、自分で全て設定する必要があります。
「こんなことはできないかな」ということの85%ぐらいは実現できます。ただ、それを「トリガ」や「自動化」などを駆使し、自分で作っていく必要があります。導入は楽でも運用に持っていくためには、かなり大変です。
また、やりたいことが増え、プランを上げると値段もそれ相応に跳ね上がります。
Zendeskは1アカウントあたりいくらです。またアカウント毎にプランを変えることができないので、人数が増え、プランが上がれば年間の価格もうなぎのぼりに上がっていきますので、無関心にアカウントを増やしていくと大変なことになります。

どのようなビジネス課題を解決できましたか？あるいは、どのようなメリットが得られましたか？

ビジネスの課題解決という点でいうなら、CSの運用や実績の可視化、プロダクトへのフィードバックに有用だと思います。