【2025年】年末調整システムのおすすめ10製品（全22製品）を徹底比較！満足度や機能での絞り込みも

年末調整システムの基礎知識

年末調整システムの人気おすすめ製品比較表

年末調整システムの種類

年末調整特化型

労務管理汎用型

年末調整システムの機能一覧・できること

申告書の配布回収

年税額の自動計算

各提出状況の管理

外部システム連携

ヘルプガイド機能

年末調整システムの導入メリット

担当者側のメリット

従業員側のメリット

年末調整システムの導入デメリット

導入や運用にはコストが発生する

従業員への社内教育が必要になる

セキュリティの対策が必要になる

年末調整システムの選び方と比較のポイント

①：必要な機能は網羅されているか

②：コストや料金プランは予算内か

③：使い勝手や操作性は問題ないか

④：外部システムとの連携は可能か

⑤：セキュリティ対策機能は十分か

年末調整システムの価格・料金・費用相場

初期導入費用の相場

月額基本料金の相場

オプション料金の相場

無料トライアルや割引プランの活用

年末調整システムの最新トレンド2024

AIを活用した年末調整の自動化

クラウドサービスの普及

セキュリティ機能の強化

年末調整システムでよくある質問｜Q&A

Q. 年末調整システムの導入・運用コストの見積もりはどのように行われますか？

Q. 年末調整システムのデータ移行プロセスはどのようになっていますか？

年末調整システムと関連のあるソフトウェア

年末調整システムの人気おすすめ製品比較表

※2025年12月8日時点におけるGrid評価が高い順で表示しています。同評価の場合は、満足度の高い順、レビュー数の多い順で表示しております。

各製品の機能の有無や操作性、サポート品質や料金プランなど、さらに詳しい比較表は「製品比較ページ」から確認することができます。

年末調整システムとは、年末調整の申告書の配布や回収をWeb上で実行できるシステムのことです。

年末調整は全社員共通で期日が決まっているため、担当者の書類作成要務が急増します。従業員からの様々な対応をはじめ、記入漏れなどの不備チェック、提出の遅延などが発生するため、システムによる業務効率化が必要不可欠です。

システム上で、制度改正の対応や年調年税額の計算、社内の提出状況や申請内容の確認、提出不備者への一斉メール送信機能や差戻機能などが搭載されているため、関連業務がスムーズに行えるようになります。

これから会社の規模を大きくしていくのであれば、必須となる年末調整への対応業務。効率化だけでなく、属人化を防ぐためのDX推進のひとつとして、システムの導入を検討してみてはいかがでしょうか。

年末調整システムの定義
・年末調整の申告書の配布・回収をWeb・システム上で実行できる
・記入などの不備のチェックを含めた、各メンバーの年末調整の進捗・状況を把握・管理する機能を有する
・e-Tax/eLTAXに対応し、申請までをシステム上で実行できる

年末調整システムの種類

年末調整特化型

年末調整特化型のシステムは、年末調整の業務に専念して最適化されたソリューションです。主に、扶養控除申告書や保険料控除申告書などの書類を自動で生成し、従業員の入力ミスや書類提出の遅れを防止する機能が特徴です。また、税制改正に即座に対応できるアップデート機能が搭載されていることが多く、常に最新の法令に基づいた調整が行えます。年末調整業務を効率化し、短期間で完了させたい企業に適しています。

労務管理汎用型

労務管理汎用型のシステムは、年末調整だけでなく、給与計算や勤怠管理、社会保険手続きなど、労務管理全般をサポートする多機能なシステムです。年末調整はその一部の機能として提供されるため、他の労務業務との連携がスムーズに行えます。特に、年間を通じて労務管理を一括して行いたい企業に向いており、データの一元管理が可能です。年末調整以外の業務も効率化したい場合には、この汎用型システムが最適です。

年末調整システムの機能一覧・できること

機能	解説
申告書の配布・回収	年末調整の申告書の配布・回収をWeb上で実行できる
年調年税額の自動計算	従業員情報や1年間に支払った給与データをもとに、過不足税額を自動計算できる
システム連携	給与管理ソフトや労務管理ソフトなどとの連携を行えば、各従業員のマイナンバーや住所地、扶養親族の情報など、年末調整の申請に必要な各種データを取り込むことが可能
管理機能	管理画面から社内の提出状況や申請内容の確認ができ、未提出者・提出不備者への一斉メール送信機能、差戻機能などが搭載されたシステムが一般的
ヘルプ・ガイド機能	従業員がスムーズに申告できるよう、画面上で一問一答形式のアンケートに答えていくだけで入力内容がそのまま自動計算され、簡単に申告データを作成できるものや、提出項目にヘルプ・ガイドが付いている年末調整システムも多い

申告書の配布回収

年末調整システムの基本機能の一つとして、各種申告書の配布と回収が自動化されています。従業員に対して扶養控除申告書や保険料控除申告書などをオンラインで配布し、入力されたデータをそのまま回収・管理できる仕組みです。これにより、紙の書類で発生する手間を大幅に削減し、入力ミスのチェック機能も併用することで、正確なデータが迅速に集められます。結果として、業務の効率化が進みます。

年税額の自動計算

年末調整システムには、従業員の所得や控除内容を基に年税額を自動で計算する機能が搭載されています。これにより、税額の計算ミスを防ぎ、迅速かつ正確な年末調整を行うことが可能です。税制の変更にも自動で対応するシステムも多く、常に最新の法規制に基づいた処理が行えます。この自動計算機能により、担当者の負担を軽減し、年末調整業務全体のスピードが向上します。

各提出状況の管理

年末調整システムでは、各従業員の申告書提出状況をリアルタイムで管理する機能が備わっています。提出が完了していない従業員に対してリマインダーを自動で送信することができ、提出漏れを防ぐことが可能です。この機能により、管理者は提出状況を一目で確認でき、業務の進捗状況を把握しやすくなります。手作業での管理が不要となり、ミスの削減にもつながります。

外部システム連携

年末調整システムは、給与計算ソフトや勤怠管理システムなどの外部システムと連携できる機能を持っています。これにより、データの一元管理が可能となり、他システムへのデータ入力の手間が省けます。さらに、API連携によってデータの自動送受信が行えるため、作業の効率化が進みます。特に、企業全体で複数のシステムを使用している場合、この連携機能が非常に有用です。

ヘルプガイド機能

年末調整システムには、従業員や管理者向けのヘルプガイド機能が搭載されている場合が多く、システムの操作に関する疑問を簡単に解決できるサポート体制が整っています。操作手順や注意点がわかりやすくまとめられたガイドがシステム内で参照できるため、トラブルが発生した際にも迅速に対応できます。ヘルプガイドの充実は、システム導入後のスムーズな運用を支援します。

年末調整システムの導入メリット

担当者側のメリット

年調管理の業務を効率化できる

年末調整システムを導入することで、従来手作業で行われていた申告書の配布、データ収集、計算などの作業を自動化でき、業務を効率化できます。システム内で申告書を電子配布し、提出状況をリアルタイムで管理できるため、進捗の確認や提出漏れの防止が簡単です。また、システムが税額の計算や控除の適用を自動で行うため、担当者の作業時間を大幅に削減し、効率的な年末調整業務を実現できます。

年調管理のコストを削減できる

年末調整システムは、業務の自動化や効率化を通じて、年末調整にかかるコストを削減できます。手作業での書類作成やデータ入力が不要となり、人件費や時間の節約が可能です。さらに、紙の申告書を廃止することで、印刷や郵送などの関連費用も削減できます。結果として、運用コスト全体が下がり、年末調整業務をコストパフォーマンスの高いものに変えることが可能です。

ヒューマンエラーを防止できる

年末調整システムを導入すると、手動での入力や計算ミスによるヒューマンエラーを防止できます。システムが自動的に税額を計算し、必要な控除や提出内容をチェックするため、ミスが大幅に減少します。また、提出期限が迫った際にはリマインダーが送信される機能も備わっており、書類の提出漏れを防ぐことが可能です。これにより、作業の正確性が向上し、修正対応の手間が省けます。

従業員側のメリット

知識がなくても簡単に入力できる

年末調整システムは、税に関する知識がなくても簡単に入力できるインターフェースを備えています。システムがステップごとに案内しながら必要な情報を入力させるため、従業員が複雑な税法や控除の詳細を理解していなくても、正確なデータを提出できます。これにより、従業員にとって年末調整が負担にならず、スムーズな運用が可能になります。

個人情報を入力する手間が省ける

年末調整システムは、従業員の個人情報を一元管理することで、毎回新たに個人情報を入力する手間を省くことができます。一度入力された情報は自動的にシステム内で保持され、次回以降の年末調整時にも再利用されます。また、外部システムとの連携によって、既存のデータを自動的に反映させることも可能です。この機能により、入力ミスを防ぎ、従業員の手間を軽減できます。

年末調整システムの導入デメリット

導入や運用にはコストが発生する

年末調整システムを導入するには、初期導入費用や月額利用料が発生します。特に、企業の規模や必要な機能によっては、カスタマイズやサポート費用も加わるため、費用が高くなることがあります。運用においても、システムのメンテナンスやアップデート、サポート契約にコストがかかる場合が多いです。そのため、導入時には長期的なコストを考慮し、費用対効果を検討する必要があります。

従業員への社内教育が必要になる

新しい年末調整システムを導入する際には、従業員に対する社内教育が不可欠です。システムの操作方法やデータ入力の手順を理解してもらうために、研修やマニュアル作成が必要になる場合があります。特に、システムに不慣れな従業員にとっては、最初の学習が負担になる可能性があります。このように、システム導入後すぐにスムーズな運用を実現するためには、十分な教育が欠かせません。

セキュリティの対策が必要になる

年末調整システムでは、従業員の個人情報や給与データを取り扱うため、セキュリティ対策が非常に重要です。データの漏洩や不正アクセスを防ぐために、強固なセキュリティ対策を講じる必要があります。クラウドベースのシステムを利用する場合には、データの暗号化やアクセス制限、定期的な監視が求められます。セキュリティ対策に関するコストや対応が増える点も、導入に伴うデメリットの一つと言えます。

年末調整システムの選び方と比較のポイント

①：必要な機能は網羅されているか

年末調整システムを選ぶ際には、必要な機能がしっかりと網羅されているか確認することが重要です。例えば、申告書の自動生成や提出状況の管理、年税額の自動計算など、年末調整に必要な機能が標準搭載されているかを確認しましょう。また、従業員が簡単に操作できる入力ガイドやヘルプ機能も重要なポイントです。企業の規模や業務に応じた機能が揃っているシステムを選ぶことで、業務効率が大幅に向上します。

②：コストや料金プランは予算内か

年末調整システムは、企業の予算に合った料金プランで提供されているかどうかも重要な選定ポイントです。システムには月額利用料や初期導入費用がかかる場合があるため、長期的なコストを見越して計画する必要があります。また、機能が充実しているプランや、従業員の人数に応じた従量課金制のプランなど、柔軟な選択肢があるかどうかを確認しましょう。予算を超えない範囲で、必要な機能が利用できるプランを選ぶことが大切です。

③：使い勝手や操作性は問題ないか

年末調整システムを導入する際、使い勝手や操作性も選定の重要なポイントです。特に、操作が複雑すぎると従業員が使いにくく、業務効率が下がる可能性があります。シンプルで直感的な操作ができるインターフェースや、マニュアル不要で操作を進められる設計が望ましいです。また、スマートフォンやタブレットからもアクセス可能なシステムであれば、さらに利便性が向上します。

④：外部システムとの連携は可能か

年末調整システムが、既存の給与計算システムや勤怠管理システムなど、外部システムと連携できるかどうかも確認が必要です。APIやデータ連携機能が充実していれば、各システム間のデータの自動共有が可能となり、二重入力の手間を省けます。また、連携により一元管理が実現できるため、業務の効率化やデータの整合性向上が期待できます。複数の業務システムを活用している企業にとっては、連携機能は欠かせません。

⑤：セキュリティ対策機能は十分か

年末調整システムでは、従業員の個人情報や給与データを扱うため、セキュリティ対策が万全であることが非常に重要です。データの暗号化やアクセス制限、不正アクセス防止のための二段階認証などが導入されているかを確認しましょう。また、クラウド型システムの場合、データセンターのセキュリティ対策も考慮する必要があります。強固なセキュリティ対策が施されたシステムを選ぶことで、安心して利用することができます。

年末調整システムの価格・料金・費用相場

企業の規模やニーズに合わせて、年末調整システムの料金体系はさまざまです。従業員数に応じた従量課金制は一般的で、規模が大きくなるほど1人当たりの単価が下がる仕組みになっています。

基本料金と従量課金を組み合わせたプランも人気があり、一定数までは固定料金、それ以上は追加料金という形式です。機能別の料金設定もあり、必要な機能だけを選んで利用できるシステムもあります。

初期費用と月額・年額利用料を分ける方式も存在します。最初の投資は必要ですが、長期的にはお得になる場合もあります。小規模事業者向けに、一定規模まで無料で使えるプランを提供しているケースもあります。

給与計算システムとセットになっているものは、単体より高額ですが、機能が充実しています。多くのシステムは無料お試し期間があるため、実際に使ってみて自社に合うものを選びましょう。

初期導入費用の相場

年末調整システムを導入する際、まず考慮すべきなのが初期費用です。この費用には、システムの設定やカスタマイズ、従業員データの移行作業が含まれることが一般的です。シンプルな導入であれば数万円から十数万円程度で済む場合がありますが、カスタマイズや他システムとの連携が必要な場合、初期費用は数十万円に上ることもあります。導入規模やシステム要件に応じて、適切な初期費用を見積もることが重要です。

月額基本料金の相場

多くの年末調整システムでは、月額料金プランが提供されています。この月額料金は、基本機能の利用やサポートが含まれるプランが主流です。従業員数に応じて料金が設定されているケースが多く、少人数の企業向けには数千円からスタートするプランもあります。企業規模が大きくなるほど料金も上がり、高度な機能やサポートが含まれるプランでは月額料金がさらに高額になります。利用する機能と料金のバランスを見極めることが大切です。

オプション料金の相場

年末調整システムには、基本料金に加えてオプション機能が提供されることがあります。例えば、API連携、データバックアップ、特別なレポート機能などが追加料金で提供される場合があります。必要な機能を追加することで業務効率が向上しますが、オプション料金が積み重なるとコストが高くなる可能性があるため、必要な機能とコストのバランスをしっかりと検討することが重要です。

無料トライアルや割引プランの活用

多くの年末調整システムでは、初めて導入する企業向けに無料トライアルや初年度割引を提供している場合があります。無料トライアル期間中にシステムの使い勝手や機能を確認できるため、導入前にシステムの適合性をテストすることができます。また、特定のプランにおいて長期契約をすることで、料金が割引される場合もあるため、コスト削減を目指す企業にとってはお得な選択肢です。

年末調整システムの最新トレンド2024

AIを活用した年末調整の自動化

2024年の年末調整システムのトレンドとして、AIを活用した自動化機能が注目されています。AIが従業員の申告内容や過去のデータを解析し、必要な控除の提案や税額の自動計算を行うシステムが増加しています。この技術により、手作業の手間を大幅に削減し、従業員や管理者の負担を軽減します。AIを使った自動化は、正確性の向上と業務効率化に大きく貢献しており、多くの企業が導入を進めています。

クラウドサービスの普及

2024年には、クラウド型年末調整システムの利用がさらに進むと予想されています。クラウド型のシステムは、インターネットを通じてアクセスできるため、社内外から柔軟に利用することが可能です。特に、リモートワークの普及に伴い、従業員がどこからでも年末調整を行える点が評価されています。また、クラウドベースのシステムは、常に最新の税制や法規制に対応するためのアップデートが行われるため、安心して利用できる点も魅力です。

セキュリティ機能の強化

個人情報を扱う年末調整システムにおいて、2024年にはさらに強化されたセキュリティ対策が求められています。多くのシステムでは、データ暗号化や二段階認証、アクセス制限などが標準装備されており、セキュリティ面での信頼性が向上しています。特に、クラウド型システムを利用する企業では、データ保護に対する懸念が大きいため、これらのセキュリティ機能の重要性が増しています。安全性を高めるための強固なセキュリティ対策は、今後さらに進化していくでしょう。

年末調整システムでよくある質問｜Q&A

Q. 年末調整システムの導入・運用コストの見積もりはどのように行われますか？

A. 年末調整システムの導入・運用コストは、主に初期費用・月額（または年額）利用料・従量課金費用の3つの要素で見積もられます。

まず、初期費用にはシステム設定、社員情報のデータ移行、帳票テンプレートのカスタマイズなどが含まれます。多くのクラウド型サービスでは初期費用が無料または10万円前後で、オンプレミス型の場合は導入支援費として数十万円かかることもあります。

次に、利用料は従業員数や利用機能に応じて変動します。たとえば従業員100名規模であれば、月額2万円〜5万円程度が一般的な相場です。給与計算システムや人事データベースと連携する場合は、追加ライセンスやAPI利用料が発生することがあります。また、電子申告・電子申請機能を利用する場合は、別途行政手続き用の証明書やシステム連携費も必要です。

さらに、運用コストとして、年次更新（法改正対応・税率変更など）やサポート費用が発生します。クラウド型の場合、これらのアップデート費用は利用料に含まれることが多く、トータルコストを抑えやすい傾向にあります。

手順または対応方法

1. 対象従業員数と利用範囲（申告書提出・確認・承認など）を整理します。
   
2. 初期設定やデータ移行の有無を確認し、見積に反映します。
   
3. 他システム（給与・勤怠・人事）との連携要件を洗い出します。
   
4. 年次更新費用やサポート契約内容を比較検討します。
   

注意点・補足

1. 無料トライアル期間を活用し、操作性と処理速度を確認しましょう。
   
2. 法改正対応が遅れるベンダーはリスクとなるため、更新頻度を確認することが重要です。
   
3. サポート範囲（チャット対応・電話窓口・年末繁忙期対応）を明確に把握してください。
   

Q. 年末調整システムのデータ移行プロセスはどのようになっていますか？

A. 年末調整システムのデータ移行プロセスは、主にデータ準備・フォーマット変換・インポート・検証の4段階で進められます。

まず、既存の給与計算システムや人事データベースから社員情報（氏名、住所、扶養情報など）を抽出し、CSVやExcel形式で整理します。この時点で重複データや欠損情報を確認し、最新の従業員情報へ更新しておくことが重要です。

次に、移行先システムで求められるデータフォーマットへの変換を行います。多くのクラウド型年末調整システムでは、既存フォーマットとの互換テンプレートを提供しており、それに合わせて整形することでエラーを防止できます。API連携対応のシステムを利用する場合は、自動同期設定を行うことで移行工数を削減できます。

その後、システムへのデータインポートを実施します。取り込み後は、従業員サンプルデータを用いて計算結果や表示内容を確認し、正しく反映されているか検証します。最終的に、承認者や管理者権限を設定し、本番環境での運用を開始します。

手順または対応方法

1. 既存システムから社員・扶養・給与情報を抽出します。
   
2. 提供テンプレートまたはCSV形式にデータを整形します。
   
3. 年末調整システムへインポートを実施します。
   
4. 検証データで内容を確認し、必要に応じて再調整します。
   
5. 権限設定を行い、本番運用を開始します。
   

注意点・補足

1. データ形式が異なる場合、変換時に文字化けや桁ズレが発生することがあります。
   
2. テスト環境での移行リハーサルを行い、本番移行時のリスクを軽減しましょう。
   
3. 移行作業中の個人情報保護のため、アクセス権限を限定することが大切です。
   

年末調整システムと関連のあるソフトウェア

勤怠管理システム
勤怠管理システムは従業員の出勤・退勤記録や休暇管理を行うシステムです。
年末調整システムと連携して活用することで、従業員の勤怠データを自動で取り込み、正確な税額計算が可能になります。

経費精算システム
経費精算システムは従業員が業務で発生した経費を申請し、管理するシステムです。
年末調整システムと連携して活用することで、経費データを自動で取り込み、精算内容を正確に反映させられます。

給与計算ソフト
給与計算ソフトは従業員の給与を計算するためのソフトウェアです。
年末調整システムと連携して、年末調整結果を給与計算に反映させることで、二重入力を防ぎ、ミスを減らします。